下茹で後、骨を洗う際に身がついているが取るべきでしょうか？

チャーシューを同じスープで煮込んでいるなら、骨の肉を取る意味が無いのでは誰をターゲットにするかといった、スープの方向性により決まってくる事でありますが、チャーシューなどにより濃度が上がっているはずです。濃度計などできちっと計った上で決めるべきです。